Рішення для секвенування SARS-CoV 2 та інших РНК-вірусів від Illumina

В умовах виникнення нових вірусних штамів, які стають серйозним викликом для здоров’я людей, секвенування наступного покоління надає нові можливості для проведення скринінгових досліджень. Метод таргетного збагачення бібліотек NGS шляхом гібридизації  дозволяє з високим рівнем чутливості секвенувати майже повну послідовність вірусного геному, а також відкриває можливість аналізу варіантів для дослідження еволюції вірусу та його детальної характеристики.

На відміну від методів заснованих на секвенуванні ампліконів, збагачення бібліотек методом гібридизації дозволяє аналізувати значно більшу кількість мішеней (видів вірусів) одночасно. При цьому даний метод дозволяє виявляти мутації у гіперваріабельних регіонах геномів вірусів, що швидко мутують (зокрема РНК-вірусів, до яких належить SARS-CoV 2, збудник COVID-19).

Зважаючи на велику потребу у дослідженні РНК-вірусів та нового коронавірусу SARS-CoV 2, який швидко розповсюджуються у світі, компанія Illumina випускає нову дослідницьку панель для секвенування під назвою Respiratory Virus Oligos Panel (кат. № 20042472).

Панель включає 7800 біотинільованих зондів, розроблених для виявлення респіраторних вірусів людини, зокрема різноманітних видів коронавірусів включно з SARS-CoV 2. У поєднанні з реагентами Nextera™ Flex for Enrichment (кат. № 20025524)  в одному експерименті можна досліджувати 42 штами РНК-вірусів людини (список у документі за посиланням https://emea.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/appnotes/ngs-enrichment-coronavirus-app-note-1270-2020-002.pdf).

Панель доступна для секвенування навіть на низькопропускних секвенаторах, таких як iSeq100.

Для аналізу результатів Illumina співпрацює з компанією IDbyDNA, що розробила програмний продукт IDbyDNA Explify Platform (https://www.idbydna.com/explify-platform/). Даний продукт доступний для використання на ресурсі BaseSpace™ Sequence Hub.

            Таким чином Іllumina надає повне рішення від підготовки бібліотеки до аналізу результатів для дослідження РНК-вірусів людини та нового коронавірусу SARS-CoV 2.

Для отримання детальнішої інформації звертайтесь за посиланням: https://emea.illumina.com/areas-of-interest/microbiology/infectious-disease-surveillance.html?langsel=/ua/