Контроль інфекцій та антибіотикорезистентність

Антибіотикорезистентність бактерій – це глобальна проблема, рішення якої потребує комплексного підходу. З усіх наявних методів визначення стійкості до антибіотиків самим точним є секвенування геному патогенів та виявлення маркерів стійкості (AMR).

Секвенування наступного покоління (NGS) за допомогою таргетних панелей дозволяє в одному аналізі визначити наявність багатьох патогенів (до 100-200 видів бактерій) та маркерів резистентності AMR (до 2000-3700 генів).

Повногеномне секвенування розкриває широкі можливості для детального аналізу виникнення та поширення антибіотикорезистентності певного штаму бактерій.

Скринінгові вірусні дослідження відкривають шлях до виявлення існуючих видів (від 200 до 3000 видів вірусів в одному зразку) та відкриття нових вірусів.

Секвенування дає можливість повністю розшифрувати механізм виникнення АМR, оскільки окрім переліку виявлених генів ми маємо можливість побачити природні вони чи набуті. Секвенування відкриває нові можливості для боротьби з антимікробною резистентністю, дозволяючи проводити точніший моніторинг та розробляти більш ефективні стратегії стримування її поширення.

ПЕРЕВАГИ СЕКВЕНУВАННЯ ПЕРЕД ІНШИМИ МЕТОДАМИ ВИЗНАЧЕННЯ АНТИБІОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТІ

Проблема антибіотикорезистентності відома давно, а отже існує декілька основних методів виявлення стійкості до протимікробних препаратів. Найбільш поширеним  є метод визначення чутливості до антибіотиків – диско-дифузійний метод (класична бактеріологія або експрес-тести). Цей метод є найдоступнішим через низьку вартість та  простоту виконання. В той же час він має серйозні обмеження по кількості досліджуваних антибіотиків, необхідності роботи з чистою живою культурою бактерій, при тому що частина видів не культивується в міру своїх природний особливостей. Метод лише констатує стійкість або чутливість до певного антибіотика, але не дозволяє оцінити наявність молекулярних маркерів стійкості в геномі бактерій. Отже цим методом неможливо дослідити механізми виникнення та поширення маркерів AMR.

Більш чутливим і точним є метод ПЛР, який дозволяє визначити гени AMR на молекулярному рівні, проте кількість таких генів обмежується наявними ПЛР-тест-системами (зазвичай, 10-20 генів АМР). Обмежуючою вимогою ПЛР є також необхідність роботи з чистою культурою бактерій.

Досить поширеними є автоматичні методи виявлення патогенів та їх чутливості до антибіотиків на основі MALDI-TOF MS. Це автоматичні аналізатори, які визначають вид патогена по його унікальному білковому спектру в порівнянні з референтними даними, а отже вимагають також чисту культуру бактерії. Бактерії, які не культивуються, відповідно не можуть бути визначені даним методом, що є суттєвим обмеженням. Стійкість до антибіотиків визначається по зміщенню спектра самого антибіотика у разі його руйнування бактерією. А отже, додатковими обмеженнями методу є необхідність мати  широкий спектр антибіотиків для аналізу і наявність живої функціонуючої клітини бактерії, здатної зруйнувати цей антибіотик.  Проте автоматичні аналізатори на основі  MALDI-TOF MS не визначають гени АМR, обмеження методу – кількість досліджуваних антибіотиків.

Найповнішу і найточнішу інформацію про геном бактерій дає секвенування нового покоління (NGS). Метод NGS є високопродуктивним і надзвичайно точним, тому дозволяє визначати на порядки більшу кількість патогенів та їх генів AMR в одному зразку: ідентифікація 2000-3700 генів AMR та 170-280 видів патогенів одночасно. Оскільки даний метод напряму визначає бактерії та їх гени AMR по ДНК, то матеріал для аналізу може бути будь-який: клінічний матеріал, змішана або чиста культура. Метод NGS дозволяє отримати результат аналізу з неперевершеною точністю, тривалість аналізу від 2-3 днів.

КОМПЛЕКСНІ РІШЕННЯ ВІД БІОЛАБТЕХ ДЛЯ ВИЗНАЧЕННЯ АНТИБІОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТІ ТА ІДЕНТИФІКАЦІЇ ПАТОГЕНІВ (БАКТЕРІЇ, ВІРУСИ, ГРИБКИ)

NGS підходи для визначення AMR та патогенів

• Таргетні панелі
• Повногеномне секвенування (WGS)

ТАРГЕТНІ ПАНЕЛІ

Задачі: скринінг, швидка ідентифікація патогенів, виявлення маркерів AMR

Матеріал: різні типи зразків (мокротиння, кров, стічні води, сеча, кал, мазки з ран, змиви зі слизових та ін.)

Панелі розроблені також для видів мікроорганізмів, які важко піддаються культивуванню

По результатам дослідження ви отримуєте звіт з рекомендаціями щодо антибіотикотерапії

ПОВНОГЕНОМНЕ СЕКВЕНУВАННЯ (WGS) ДЛЯ ВИЗНАЧЕННЯ МАРКЕРІВ AMR В КУЛЬТУРІ БАКТЕРІЙ

Задачі: Фундаментальне дослідження антибіотикорезистентності

Матеріал: чиста культура бактерій

Моніторинг існуючих та знаходження нових маркерів AMR

З’ясування механізму виникнення та поширення АМР

Відстеження та прогнозування спалахів інфекцій з а/б резистентністю

Побудова філогенетичних дерев

РІШЕННЯ ДЛЯ СКРИНІНГОВИХ ДОСЛІДЖЕНЬ ВІРУСНИХ ЗБУДНИКІВ

КОМПЛЕКСНА ВІРУСНА ПАНЕЛЬ

Виявляє 3 153 вірусних геномів, 15 488 штамів

Виявляє всі існуючі патогенні віруси людини та тварин

Дозволяє виявляти нові віруси

Виявляє коінфекції множинних вірусів в одному зразку

ВІРУСНА ПАНЕЛЬ VSP (VIRAL SURVEILLANCE PANEL V2)

Виявляє 200 вірусних геномів

Ідентифікує віруси людини, тварин, навколишнього середовища

Забезпечує багатовекторний підхід One Health

Дозволяє виявляти нові мутації та нові штами існуючих вірусів, щоб завчасно передбачати та реагувати на майбутні спалахи і запобігати пандеміям

ДЛЯ КОГО НАШІ РІШЕННЯ:

• Фахівці у галузі охорони здоров’я людини (лікарі, епідеміологи)
• Фахівці у галузі охорони здоров’я тварин (ветеринари, техніки, працівники сільського господарства)
• Фахівці у галузі охорони навколишнього середовища (екологи, експерти з дикої природи)
• Дослідницькі установи
• Академічні інституції
• Державні установи

Біолабтех – офіційний дистриб’ютор Illumina в Україні. Ми поставляємо лабораторне оснащення та реагенти від провідних світових брендів і пропонуємо комплексне рішення NGS від зразка до готового результату.

ПРОВЕДЕННЯ АНАЛІЗУ NGS ЦЕ:

• легка підготовка бібліотек
• можлива автоматизація роботизованими системами
• швидкий та інтуїтивно зрозумілий запуск секвенатора
• простий аналіз даних

РОБОЧИЙ ПРОЦЕС NGS

І Виділення НК: широкий перелік рішень для виділення ДНК з будь якого біоматеріалу.

ІІ Підготовка бібліотек: набори реагентів (тест-системи)для підготовки бібліотек під різні дослідження.

ІІІ Секвенування: прилад – настільний секвенатор Illumina MiSeq i100™

ІV Аналіз: веб-додаток з інтерактивною візуалізацією та легкою інтерпретацією

MiSeq i100 Series – найпростіший і найшвидший настільний секвенатор

Особливості секвенатора MiSeq i100 Series:

• Простий у використанні. Три прості кроки налаштування рану менш ніж за 20 хв., немає необхідності розморожувати реагенти, доступ до 18 програм для аналізу даних.
• Надшвидкий. Секвенування з тривалістю рану від 4 годин. Почніть процес вранці і отримайте результат того ж дня.
• Надзвичайна точність результату. Мінімізація помилок та ручної роботи завдяки інтегрованим картриджам. Досконалість та надійність з оновленою коровою реагентикою XLEAP-SBS – найшвидшою та найточнішою реагенткою Illumina для секвенування шляхом синтезу (SBS).
• Ідеальний для мікробіологічних досліджень. Секвенування мікробіому по 16S РНК, аналіз антибіотикорезистентності, ідентифікація патогенів, відстеження нових вірусів, повногеномне секвенування (WGS).
• Реагенти для серії MiSeq i100 – це прості у використанні картриджі та 4 конфігурації проточних комірок для гнучких варіантів секвенування.

NGS-лабораторія “під ключ” від Біолабтех

Ми пропонуємо комплексне рішення від зразка до готового результату секвенування. Забезпечуємо поставку та запуск всіх приладів та реагентів, щоб ви фокусувались виключно на ваших дослідженнях та отримували найкращі результати.

Біолабтех – ексклюзивний дистриб’ютор Illumina в Україні.

Переваги готових рішень від Біолабтех:

• Нами інстальовано більше 20 секвенаторів Illumina в Україні за період 2020-2025 років;
• Маємо пряму підтримку та надійні поставки від виробника Illumina;
• Надаємо клієнтам техпідтримку сертифікованими інженерами та аплікаційними спеціалістами;
• Контроль дотримання температурних режимів на всіх етапах поставки;
• Гарантія якості реагентів;
• Маємо сертифікат по ISO 9001.

Наші інженери та аплікаційні фахівці постійно проходять навчання та підвищення кваліфікації на базі центрів у Європі. Ми надаємо повний супровід від поставки, інсталяції до навчання персоналу і підтримки у дослідженнях.

Звертайтеся до нас за консультацією — ми будемо раді відповісти на всі ваші запитання та запропонувати комплексне рішення для досліджень в сфері контролю інфекцій та антибіотикорезистентності.

Пропонуємо також завантажити нашу брошуру:  NGS для визначення антибіотикорезистентності, вірусів, бактерій та мікробіому

Зображення розроблене vectorjuice / Freepik