TapeStation від Agilent: Комплексне рішення для контролю якості бібліотеки NGS

Система автоматичного електрофорезу TapeStation від Agilent: Комплексне рішення для контролю якості бібліотеки NGS

Секвенування нового покоління (NGS) є важливою технологією в сучасних геномних дослідженнях, оскільки дозволяє здійснювати масивне паралельне секвенування. Підготовка бібліотек для NGS є стандартизованою процедурою, яка зазвичай включає фрагментацію вхідного матеріалу та лігування функціональних адаптерів до фрагментів ДНК, які далі аналізуються на секвенаторі. Кожен етап підготовки бібліотек NGS необхідно виконати правильно, щоб забезпечити отримання високоякісних даних для подальшого аналізу.

Робочий процес підготовки бібліотек є критично важливим, разом з тим досить часто він також є тривалим, трудомістким і дороговартісним. Впровадження контролю якості (Quality Control, QC) у протоколи підготовки бібліотек NGS дає змогу лабораторіям заощадити цінний час і ресурси, забезпечуючи при цьому успішне отримання даних секвенування. Компанія Agilent пропонує автоматизовані системи електрофорезу для точної, ефективної та надійної оцінки якості бібліотек NGS.

В даній статті ми розглянемо, як рішення для контролю якості зразків можуть впливати на принципово важливі етапи при підготовці бібліотек NGS, а також на кінцевий результат секвенування.

Повний спектр рішень для контролю якості зразків від Agilent можете переглянути в брошурі
Agilent TapeStation Комплексні рішення для контролю якості ДНК та РНК

Система автоматичного електрофорезу TapeStation

Платформа «все в одному» включає:

• прилад TapeStation для автоматичного електрофорезу
• реагенти та картриджі ScreenTape для аналізу розміру, кількості та цілісності ДНК
• програмне забезпечення для обробки даних

Особливості аналізу автоматичного електрофорезу з TapeStation:

• Автоматизація, мінімум ручної роботи і помилок
• Швидкість аналізу: 1–2 хвилини на зразок
• Економія досліджуваного матеріалу: 2 мкл зразка на аналіз
• Простота використання: мінімальна підготовка зразків ДНК та застосування картриджів ScreenTape для електрофорезу

Картридж ScreenTape – зручність і надійність при контролі якості ДНК

• Прості у використанні картриджі ScreenTape, попередньо заповнені гелем, дозволяють просто завантажити зразки та розпочати роботу
• Картридж ScreenTape розміром із кредитну карту містить 16 індивідуальних ланок для розділення зразків без ризику перехресної контамінації
• Один картридж можна використовувати за декілька запусків – щоразу завантажувати лише необхідну кількість ланок
• Частково використані картриджі можна повторно запускати в аналіз, забезпечуючи стабільну вартість дослідження одного зразка

Схема аналізу на TapeStation:

1. Підготуйте зразки та картридж ScreenTape
2. Помістіть зразки та картридж ScreenTape у прилад TapeStation
3. Натисніть Start і перегляньте результати у програмному забезпеченні TapeStation

Результати автоматичного електрофорезу на TapeStation

Результатом автоматичного електрофорезу є електрофореграма, графік і таблиця з даними по кожному зразку та маркерам молекулярних мас.

• Електрофореграма показує розподіл фрагментів ДНК в залежності від їх маси (довжини) – це звичне відображення, аналогічне гель-електрофорезу.
• Кожному фрагменту ДНК відповідає певний пік на графіку і смужка на електрофореграмі.
• Програмне забезпечення визначає автоматично довжину фрагментів (пн), кількість (в мкг) та розраховує молярність.

По результатам електрофорезу можна зробити висновок щодо якості приготовленої бібліотеки та придатності зразків до подальшого аналізу методом NGS.

Реальний кейс Біолабтех

В прецесі експерименту аналізували зразки методом NGS. При підготовці бібліотеки проводили контроль якості бібліотеки на TapeStation 4150. Перевіряли зразки до очистки та після. Нижче представлені результати автоматичного електрофорезу на TapeStation.

До очистки бібліотека NGS містить:

• цільові фрагменти навкло 378 пн для секвенування
• нецільові фрагменти (праймери, димери, фрагменти геномної ДНК).

Після очистки бібліотека NGS містить:

• основний пік – цільові фрагменти 383 пн для секвенування

Висновок: очистка пройшла успішно, бібліотека підготовлена правильно, зразки придатні для подальшого секвенування.

Невдало підготовлена бібліотека NGS:

• Відсутній основний пік, фрагменти 383 пн для секвенування практично відсутні.

Висновок: Даний зразок не підлягає подальшому секвенуванню, потребує повторного приготування бібліотеки.

Отже, контроль якості зразків за допомогою автоматичного електрофорезу TapeStation  дає змогу відстежувати успішність підготовки бібліотек для різних застосувань NGS, мінімізуючи ризик отримання ненадійних даних секвенування через низьку якість зразків, і як наслідок, дозволяє економити такі цінні ресурси як час та гроші.

Звертайтеся до нас за консультацією — ми будемо раді відповісти на всі ваші запитання та запропонувати комплексне рішення для контролю якості ДНК та РНК у Ваших дослідженнях.